Sie liegt im Vergleich zu den anderen Inseln ein wenig abseits. Giannutri ist ein sehr kleines Paradies: sie ist nur 500 Meter breit und etwa 5 Kilometer lang, genau richtig für einen schönen Spaziergang. Sie ist Ziel vieler Ausflügler und wird häufig von Tauchern besucht, die vom Zauber der dortigen Meeresgründe angelockt werden. Schon im Altertum zog Giannutri die Römer an, die dann dort einen Hafen und viele herrliche Patriziervillen erbauten. Noch heute findet man rund um die Insel viele Relikte gesunkener römischer Schiffe.
Die außerordentliche Schönheit der Meeresgründe um Giannutri und die Vielfalt der Fischarten sind Gründe genug, hier zu tauchen. Es gibt viel zu entdecken: Riffe, Grotten, Wiesen mit Poseidonien, Seerosen, Medusen, Seepferdchen, Seesterne, Korallen, Seeigel, Brassen, Schwämme aber auch Reste untergegangener Schiffe. Selten, aber durchaus möglich, sind auch Begegnungen mit Delphinen, Walen oder Seeschildkröten.
Um das reiche Naturerbe vor Risiken zu bewahren, wurde die Insel Giannutri zum Meeres-Naturpark erklärt und wird seither von den Behörden geschützt. Ein Teil ist absolutes Naturschutzgebiet. In dieser Zone gilt ein Fahrverbot für Motorboote und absolutes Anlegeverbot; Fischen ist untersagt sowie jede Beschädigung an Tieren und Pflanzen. Schwimmen und Schnorcheln ist dagegen erlaubt. Das Anlegen von Schiffen und der nächtliche Aufenthalt ist nur im Umkreis von Cala Maestra und Cala Spalmatoio möglich.
